Anaconda

Anaconda est une distribution Python : un ensemble qui réunit Python, des centaines de bibliothèques déjà installées, l’outil conda qui gère les environnements, et des applications (Anaconda Navigator, Spyder, JupyterLab). Sur les postes de la salle, il est installé pour tous les utilisateurs, dans C:\ProgramData\anaconda3.

On se sert d’Anaconda de deux façons : en ligne de commande, avec la commande conda et le Python de la distribution tapés dans un terminal, ou par Anaconda Navigator, une interface graphique qui lance les applications. Le module emploie surtout la ligne de commande, et se sert de Navigator en secours. Le test des deux est dans Anaconda et JupyterLab.

conda dans un terminal

Un terminal ordinaire ne connaît ni la commande conda ni le Python d’Anaconda. Dans un cmd ouvert depuis le menu Démarrer, ou dans un Git Bash qui n’a pas été configuré, conda n’est pas reconnu (A2), et python désigne un autre Python, ou aucun.

Il faut d’abord activer un environnement dans le terminal. Un script d’Anaconda ajoute les dossiers de l’environnement en tête de la variable PATH, et le terminal y trouve ensuite conda, python et les autres programmes de l’environnement. La variable PATH est expliquée dans Variables d’environnement et recherche des programmes, et le contenu des scripts d’activation dans Les environnements conda.

Chaque interpréteur de commandes a son script d’activation, dans le dossier d’Anaconda :

Terminal	Script d’activation	Mise en place
Invite de commandes d’Anaconda (cmd)	Scripts\activate.bat	faite par le raccourci du menu Démarrer
Git Bash (bash)	etc/profile.d/conda.sh	par conda init bash, une fois sur le poste
PowerShell	shell\condabin\conda-hook.ps1	bloquée sur les postes de la salle (A7)

L’invite de commandes d’Anaconda

Menu Démarrer, taper anaconda, choisir « Anaconda Prompt », le nom anglais de l’invite de commandes d’Anaconda. Une fenêtre noire s’ouvre tout de suite. La ligne qui attend une commande s’appelle l’invite ; elle commence par (base), le nom de l’environnement actif, puis le dossier courant.

Le menu Démarrer, après avoir tapé anaconda.

Une commande tapée dans l’invite de commandes d’Anaconda, et sa réponse.

Le raccourci ouvre un cmd et y exécute activate.bat (Les terminaux en ligne de commande). L’invite de commandes d’Anaconda fonctionne donc sans réglage.

Ce qu’on tape	Ce qu’on doit voir
conda --version	conda 25.x ou conda 24.x
where python	en première ligne, C:\ProgramData\anaconda3\python.exe

Git Bash

Git Bash est le terminal du module à partir du TD 1c, qui fait cette configuration. À son ouverture, Git Bash ne connaît pas conda. Deux commandes, tapées une fois dans Git Bash, le configurent :

source /c/ProgramData/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
conda init bash

source exécute le script conda.sh dans le terminal ouvert, ce qui y définit la commande conda. conda init bash écrit une instruction équivalente dans le fichier ~/.bash_profile, que Git Bash lit à chaque ouverture. Il affiche une ligne par fichier examiné, no change ou modified. Fermer ensuite Git Bash, puis le rouvrir.

Ce qu’on fait	Ce qu’on doit voir
Ouvrir Git Bash	l’invite commence par (base)
Taper which python	/c/ProgramData/anaconda3/python
Taper conda --version	conda 25.x ou conda 24.x

Le réglage est écrit dans le dossier personnel du compte. Il reste d’une séance à l’autre sur le même poste, et se refait sur un autre poste. Il vaut aussi pour le Git Bash ouvert dans VS Code, qui lit le même fichier (Git et Git Bash).

Quand la configuration échoue :

source affiche No such file or directory

Anaconda est installé dans un autre dossier. Sur un ordinateur personnel, essayer source /c/Users/$USERNAME/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh, ou source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh avec Miniforge (Python et conda).

conda init bash écrit needs sudo, ou Windows demande des droits d’administrateur

Refuser, puis écrire la ligne à la main dans ~/.bash_profile, et rouvrir Git Bash :

echo 'eval "$(/c/ProgramData/anaconda3/Scripts/conda.exe shell.bash hook)"' >> ~/.bash_profile

Chaque nouveau Git Bash affiche l’aide de cygpath (Usage: cygpath …), puis bash: : No such file or directory

Anaconda fournit son propre cygpath, dans C:\ProgramData\anaconda3\Library\usr\bin, qui échoue sous Git Bash ; une fois base activé, ce dossier passe avant ceux de Git dans le PATH. L’environnement est activé, mais le script d’OpenSSL d’Anaconda n’est pas chargé, et SSL_CERT_FILE n’est pas posée. Taper une fois la commande suivante, puis rouvrir Git Bash :

sed -i '1i cygpath() { /usr/bin/cygpath "$@"; }' ~/.bash_profile

Elle ajoute en tête de ~/.bash_profile une fonction cygpath, qui passe avant le PATH et appelle toujours celui de Git.

Les environnements

Un environnement est un dossier qui contient un Python et les paquets installés avec lui. base est celui d’Anaconda. Sur les postes de la salle, son dossier n’est pas modifiable par un compte élève : on n’y installe rien. Chaque TD qui a besoin d’un paquet crée son propre environnement, qui va dans C:\Users\<nom>\.conda\envs. Le TD 1h fait créer le premier ; les commandes, dans l’invite de commandes d’Anaconda :

conda create -n recette -c conda-forge python pandoc
conda activate recette
conda env list
conda list -n recette

Dans l’ordre : créer l’environnement recette avec Python et pandoc, pris sur le canal conda-forge ; l’activer (l’invite passe à (recette)) ; lister les environnements connus ; lister les paquets de recette. Ce que change l’activation est expliqué dans Les environnements conda.

Une application lancée depuis un terminal est cherchée dans l’environnement actif, et démarre avec lui. Navigator fait de même avec l’environnement choisi en haut de sa page. Le lancement de chaque application est décrit dans sa page : JupyterLab, Spyder, VS Code.

Configuration des dépôts

Un paquet installé par conda vient d’un dépôt, un serveur qui en tient des milliers à disposition. conda appelle ces dépôts des canaux (channels). Il en existe plusieurs : conda-forge, tenu par une communauté, où chaque paquet entre après relecture d’une recette ; les canaux d’Anaconda (defaults, c’est-à-dire pkgs/main et pkgs/r), tenus par l’entreprise, avec des conditions d’utilisation ; et PyPI, le dépôt de pip, que conda n’emploie pas. Le réglage des canaux dit à conda où chercher, et dans quel ordre.

Un environnement, et les dépôts d’où viennent ses paquets (schéma du cours 1).

Le module prend ses paquets sur conda-forge, d’où le -c conda-forge des commandes. Deux réglages, à faire une fois par compte dans l’Anaconda Prompt, rendent ce choix permanent et évitent les questions que conda pose sinon.

Canal conda-forge par défaut

Écrire dans le fichier C:\Users\<nom>\.condarc (le créer avec le Bloc-notes s’il n’existe pas ; le nom commence par un point et n’a pas d’extension) :

channels:
  - conda-forge
channel_priority: strict

Avec ce fichier, conda create -n recette python pandoc prend tout sur conda-forge, sans -c, et les canaux d’Anaconda ne sont plus consultés, y compris quand c’est VS Code qui lance conda create (Comment VS Code gère les environnements). Vérifier : conda config --show channels affiche conda-forge seul.

Conditions d’utilisation des canaux d’Anaconda

Depuis Anaconda 2025.06, conda demande une fois par compte d’accepter les conditions d’utilisation des canaux d’Anaconda avant de s’en servir (A10). La question n’est posée que dans un terminal ; lancé par VS Code, conda ne peut pas la poser et échoue. Faire le test une fois, dans l’invite de commandes d’Anaconda :

conda tos

La réponse est un tableau des canaux avec, pour chacun, accepté ou non. S’il reste des canaux non acceptés et qu’on compte s’en servir :

conda tos accept

Avec le fichier .condarc ci-dessus, les canaux d’Anaconda ne sont plus consultés et la question ne se pose plus.

Anaconda Navigator

Anaconda Navigator est une interface graphique qui lance les applications d’Anaconda. Menu Démarrer, taper anaconda, choisir « Anaconda Navigator ».

Après le chargement (jusqu’à deux minutes la première fois), la page d’accueil affiche une fiche par application. En haut, une liste déroulante indique l’environnement actif, base (root).

La page d’accueil d’Anaconda Navigator.

Le bouton Launch d’une fiche lance l’application dans l’environnement affiché en haut. Quand Navigator est lent ou ne s’ouvre pas (A4, A5), chaque application se lance aussi depuis un terminal, comme l’indique sa page. Un Navigator bloqué au démarrage, dont l’icône reste à l’écran, s’arrête depuis le Gestionnaire des tâches (A13).

Documentation officielle

• Anaconda Navigator : Getting started with Navigator (en anglais).

• Invite de commandes d’Anaconda et conda : Getting started with conda (en anglais).

Fichiers utiles

Quoi	Où
Installation	C:\ProgramData\anaconda3
Python de base	C:\ProgramData\anaconda3\python.exe
Script qu’exécute l’invite de commandes d’Anaconda	C:\ProgramData\anaconda3\Scripts\activate.bat
Environnements créés par le compte	C:\Users\<nom>\.conda\envs
Liste des environnements connus	C:\Users\<nom>\.conda\environments.txt
Réglages de conda pour le compte (canaux)	C:\Users\<nom>\.condarc
Réglages et journaux de Navigator	C:\Users\<nom>\.anaconda\navigator et C:\Users\<nom>\AppData\Roaming\.anaconda\navigator

conda info, dans l’invite de commandes d’Anaconda, affiche ces chemins tels que conda les voit.