Spyder

Contenu

Spyder#

Spyder est un éditeur de code pour Python, livré avec Anaconda et installé sur les postes de la salle, dans l’environnement base. Le module ne l’emploie pas en séance (VS Code et JupyterLab), mais d’autres cours l’emploient. Cette page dit comment Spyder exécute du code, quel Python il utilise, et ce qu’il fait d’un notebook. Son test est en fin de page ; le choix entre les trois outils, dans Choisir entre JupyterLab, Spyder et VS Code.

Spyder se lance depuis le menu Démarrer (taper spyder), depuis la fiche Spyder de Navigator, ou en tapant spyder dans l’invite de commandes d’Anaconda. Le premier lancement est long (A12). Sur un poste en français, les menus sont en français ; le nom anglais est donné entre parenthèses quand il diffère.

La fenêtre#

La fenêtre a trois zones :

l’éditeur, à gauche : les fichiers .py ouverts, un onglet par fichier ;
la console IPython, en bas à droite : un Python interactif. Ce qu’on y tape s’exécute tout de suite, et les variables restent en mémoire jusqu’au redémarrage du noyau, comme dans un notebook ;
un groupe d’onglets, en haut à droite : l’explorateur de variables (Variable Explorer), qui liste les variables de la console et ouvre les listes, les tableaux NumPy et les DataFrames dans une grille ; Graphiques (Plots), où s’affichent les figures Matplotlib ; l’aide ; et les fichiers.

La barre d’état, en bas, affiche l’environnement Python de la console.

Exécuter un fichier, ou une cellule#

Trois façons d’exécuter du code, toutes dans la console :

Ce qu’on fait	Ce qui s’exécute	Après
`F5`, ou le bouton triangle vert (Exécuter le fichier, Run file)	le fichier entier, du début à la fin	ses variables sont dans l’explorateur de variables, ses figures dans Graphiques
`Ctrl` + `Entrée` (Exécuter la cellule, Run cell)	la cellule où est le curseur	idem ; `Maj` + `Entrée` passe à la cellule suivante
`F9`	la ligne, ou le texte sélectionné	idem

Une cellule est un bloc du fichier qui commence par une ligne # %%. Pour Python, c’est un commentaire ; pour Spyder, c’est un séparateur. Un fichier découpé ainsi s’exécute par morceaux, comme un notebook, et reste un programme ordinaire : python fichier.py l’exécute en entier. Les résultats ne sont pas enregistrés dans le fichier ; ils sont dans la console et dans les volets.

# %% Lecture
import pandas as pd
mesures = pd.read_csv("mesures.csv")

# %% Figure
mesures.plot(x="date", y="altitude")

Le Python de la console#

Par défaut, la console utilise le Python de Spyder lui-même : sur les postes, celui de base. La vérification est la même que pour les autres outils : dans la console, import sys; print(sys.executable) doit afficher le chemin d’Anaconda (A12).

Une console dans un autre environnement#

Spyder ne crée pas d’environnement : c’est le travail de conda, dans l’invite de commandes d’Anaconda (Les environnements, TD 1h). Une fois l’environnement créé, Spyder peut y ouvrir une console, à une condition : le paquet spyder-kernels doit y être installé, à la version qui correspond à celle de Spyder (menu Aide, À propos de Spyder) :

conda install -n recette -c conda-forge spyder-kernels=3.1

=3.1 pour Spyder 6.1, =3.0 pour Spyder 6.0. Le paquet peut aussi être mis dans la commande de création de l’environnement, avec les autres :

conda create -n recette -c conda-forge python spyder-kernels=3.1 pandoc

Puis, dans Spyder, au choix :

menu Consoles, « Nouvelle console dans l’environnement » (New console in environment) : la liste des environnements que conda connaît, base et ceux créés par le compte. Choisir l’environnement ouvre une console dedans ; les autres consoles ne changent pas ;
menu Outils (Tools), Préférences, rubrique « Interpréteur Python », « Utiliser l’interpréteur Python suivant » : choisir l’environnement dans la liste, ou donner le chemin de son Python, C:\Users\<nom>\.conda\envs\recette\python.exe. Valider, puis menu Consoles, « Redémarrer le noyau » (Restart kernel). Ce choix devient celui de toutes les nouvelles consoles.

Quand spyder-kernels manque dans l’environnement, la console n’a pas d’invite : elle affiche à la place un message qui donne le chemin du Python choisi et la commande conda install spyder-kernels=3.1 à taper. La taper dans l’invite de commandes d’Anaconda, l’environnement activé, puis « Redémarrer le noyau ».

Note

Les commandes d’installation ne se tapent pas dans la console de Spyder : depuis Spyder 6.1, !conda install et %pip install y sont désactivés. Elles se tapent dans l’invite de commandes d’Anaconda.

Les notebooks dans Spyder#

Spyder édite des fichiers .py. Un fichier .ipynb ouvert dans son éditeur s’affiche tel qu’il est écrit sur le disque : du JSON, le format interne du notebook, montré dans le cours 1. Pour l’exécuter, deux possibilités.

Convertir le notebook en fichier Python#

Clic droit dans l’éditeur, ou clic droit sur le fichier dans le volet Fichiers, puis « Convertir en fichier Python » (Convert to Python file). Spyder ouvre un nouveau fichier, non enregistré :

chaque cellule de code devient une cellule du fichier, séparée par une ligne # In[1]:, # In[2]:… que Spyder traite comme # %% ;
chaque cellule de texte devient un commentaire ;
les résultats enregistrés dans le notebook ne sont pas repris.

Le fichier s’exécute ensuite cellule par cellule (Ctrl + Entrée), et s’enregistre en .py. La conversion va dans un seul sens : le fichier Python ne redevient pas un notebook. Le notebook d’un cours peut donc être suivi dans Spyder de cette façon ; l’ouvrir dans JupyterLab ou dans VS Code est plus direct.

Le plugin spyder-notebook#

spyder-notebook est une extension de Spyder qui affiche et exécute de vrais notebooks dans un onglet de Spyder, avec l’interface de Jupyter Notebook ; le noyau est le Python de l’environnement de Spyder. Elle s’installe avec conda, dans l’environnement où Spyder est installé :

conda install -c conda-forge spyder-notebook

La version 0.7 demande Spyder 6.1. Sur les postes de la salle, cette installation n’est pas possible pour un compte élève : base n’y est pas modifiable. Sur un ordinateur personnel, elle l’est ; elle peut être longue, et le module n’en a pas besoin.

Vérifier#

Ce qu’on fait	Ce qu’on doit voir	Sinon
Menu Démarrer, taper `spyder`, Entrée, puis attendre	la fenêtre de Spyder : l’éditeur à gauche, la console en bas à droite	A12
Dans la console, `import sys; print(sys.executable)` puis Entrée	le chemin d’Anaconda, le même que dans l’invite de commandes d’Anaconda	A12
Menu Consoles, « Nouvelle console dans l’environnement »	`base`, et les environnements créés par le compte	A11

Documentation officielle#

Tour de l’interface (en anglais).
FAQ de Spyder (en anglais), questions « How do I get Spyder to work with my existing Python packages/environment? » et « How do I use code cells in Spyder? ».
Spyder Notebook (en anglais) : le plugin.