Python et conda

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Python et conda#

Le module emploie conda pour installer Python et les outils des TD. Sur un ordinateur personnel, on installe Miniforge, une distribution de conda publiée par la communauté conda-forge. Les commandes sont les mêmes que dans la salle : conda create, conda activate, conda install.

Choisir l’installateur#

Quatre installateurs donnent la commande conda ou un équivalent :

	Anaconda	Miniconda	Miniforge	micromamba
Publié par	Anaconda, Inc.	Anaconda, Inc.	la communauté conda-forge	le projet mamba
Canal par défaut	`defaults`, les canaux d’Anaconda	`defaults`	`conda-forge`, seul	aucun, à choisir
Contenu de `base`	Python, des centaines de bibliothèques, Navigator, Spyder, JupyterLab	Python et conda	Python, conda et mamba	pas de `base`, pas de Python
Commande	`conda`	`conda`	`conda`, ou `mamba`	`micromamba`
Conditions d’utilisation	gratuit pour les étudiants dans le cadre des cours, payant pour une organisation de 200 personnes ou plus	les mêmes qu’Anaconda	aucune	aucune

Le module conseille Miniforge. Son installation pèse quelques centaines de Mo, contre plusieurs Go pour Anaconda. Il est gratuit pour tout le monde, y compris après les études, en stage ou chez un employeur. Son seul canal est conda-forge, celui que le module emploie dans la salle : il n’y a ni fichier .condarc à écrire, ni conditions d’utilisation à accepter.

micromamba est un seul programme, sans environnement base. Sa commande diffère de celle de la salle, et il sert surtout à préparer des environnements sur des serveurs d’intégration continue.

Installer Miniforge#

Sous Windows#

Télécharger Miniforge3-Windows-x86_64.exe sur https://conda-forge.org/download/.
Lancer l’installateur, et garder « Just Me ». Miniforge s’installe alors dans C:\Users\<nom>\miniforge3, sans droits d’administrateur. Laisser décochée l’option qui ajoute Miniforge au PATH.
Menu Démarrer, taper miniforge, choisir « Miniforge Prompt ». Une fenêtre noire s’ouvre, et l’invite commence par (base).

Sous macOS et Linux#

Dans le Terminal :

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Miniforge3-$(uname)-$(uname -m).sh

Accepter la licence, garder le dossier proposé, ~/miniforge3, et répondre yes à la dernière question, qui propose d’initialiser conda dans le terminal. Fermer puis rouvrir le Terminal : l’invite commence par (base). La documentation de Miniforge déconseille de l’installer par Homebrew.

Vérifier#

Dans la Miniforge Prompt, ou dans le Terminal :

Ce qu’on tape	Ce qu’on doit voir
`conda --version`	`conda` suivi d’un numéro de version
`conda config --show channels`	`conda-forge`, seul
`python -c "import sys; print(sys.executable)"`	un chemin dans le dossier `miniforge3`

Les canaux#

Un paquet installé par conda vient d’un dépôt, que conda appelle un canal. Le module prend tous ses paquets sur conda-forge. Les canaux et le fichier .condarc qui les règle sont décrits dans Anaconda, section Configuration des dépôts.

Avec Miniforge, conda-forge est déjà le seul canal. Une ligne de plus fixe la priorité stricte, qui fait prendre chaque paquet dans le premier canal de la liste qui le fournit, si on ajoute un canal plus tard :

conda config --set channel_priority strict

Avec Anaconda ou Miniconda déjà installé, trois commandes font passer conda à conda-forge, dans l’invite de commandes d’Anaconda ou dans le Terminal :

conda config --add channels conda-forge
conda config --remove channels defaults
conda config --set channel_priority strict

La première met conda-forge en tête de la liste des canaux, la deuxième retire les canaux d’Anaconda, la troisième fixe la priorité stricte. conda config --show channels doit ensuite afficher conda-forge seul. Les paquets déjà installés dans base ne changent pas, et les environnements créés ensuite prennent leurs paquets sur conda-forge. conda ne demande plus d’accepter les conditions d’utilisation des canaux d’Anaconda.

L’environnement du module#

Sur les postes de la salle, JupyterLab, numpy, Pillow et pandoc sont dans base. Avec Miniforge, base ne contient que Python, conda et mamba, et on n’y installe rien. Les outils du module vont dans un environnement info01, créé une fois :

conda create -n info01 python jupyterlab numpy pillow pandoc
conda activate info01

L’invite passe à (info01). jupyterlab installe aussi ipykernel, le noyau des notebooks (Les notebooks). Là où un TD emploie base, activer info01 à la place. Les TD qui ont leur propre environnement le créent depuis leur fichier environment.yml, comme dans la salle.

conda dans les autres terminaux#

Sous macOS et Linux, l’installateur a initialisé conda dans le Terminal, et dans celui de VS Code, qui lit les mêmes fichiers.

Sous Windows, la Miniforge Prompt est un cmd activé, comme l’invite de commandes d’Anaconda dans la salle (Anaconda, section conda dans un terminal). Pour les autres terminaux :

Git Bash : les commandes de la salle, avec le chemin de Miniforge, puis fermer et rouvrir Git Bash (Anaconda, section Git Bash) :
```
source ~/miniforge3/etc/profile.d/conda.sh
conda init bash
```
cmd : taper une fois conda init cmd.exe dans la Miniforge Prompt, puis rouvrir le terminal ;
PowerShell : autoriser d’abord les scripts pour le compte (A7), en tapant une fois dans un PowerShell la commande suivante, qui ne demande pas de droits d’administrateur :
```
Set-ExecutionPolicy -Scope CurrentUser RemoteSigned
```
Puis taper conda init powershell dans la Miniforge Prompt, et rouvrir le terminal.

D’autres gestionnaires d’environnements#

Le module montre conda parce qu’il est installé sur les postes de la salle, et qu’il installe aussi des programmes qui ne sont pas du Python, comme pandoc ou ffmpeg. Pour ses propres projets, hors de ces contraintes, uv et pixi décrivent l’environnement dans un fichier du projet, et le recréent à l’identique sur une autre machine. Ils sont présentés dans venv, uv et pixi.

Documentation officielle#

Miniforge (en anglais) : les installateurs, l’installation et la désinstallation.
Getting started with conda (en anglais).